Xyoo 2065, Ntiaj Teb yog qhov chaw ntawm kev ua rog nrog cov neeg txawv teb chaws ntxiv hu ua Nova. Cov tub rog tub rog txhim kho thiab tsheb ciav hlau Pandoras, cov ntxhais uas tuaj yeem ua rau siv cov ntaub so ntswg tshwj xeeb hu ua Stigmata (Seikon) Qhia txog superhuman ntaus riam phom tshuab thiab kev txawj ntse. Txhawb nqa Pandoras yog cov txiv neej koom nrog hu ua Limiters, uas siv tshwj xeeb "khov" hwj chim los txwv lawv txoj kev sib tw txoj kev ywj pheej.
Ib qho ntawm cov kev txwv no yog Kazuya Aoi, uas nws tus muam lig yog Pandora. Kazuya ntsib Pandora muaj zog, Satellizer el Bridget, lub npe hu ua tus poj huab tais Untouchable, ntawm nws cov lus txaus nyiam thiab nws lub ntsej muag huab thaum mus kawm West Genetics Academy hauv Nyij Pooj. Txawm tias muaj lus ceeb toom los ntawm nws cov phooj ywg hauv tsev kawm los mus rau kev ncaws pob ntawm Satellizer, nws raug phooj ywg los ntawm Kazuya, thiab thov kom yog nws Limiter. Satellizer pom zoo koom nrog nws, txawm hais tias tsis ntev nws sib tw nrog kev sib tw hauv kev sib hlub sib hlub hu ua Rana Linchen, leej twg ntseeg tias Kazuya yog nws tus ntsuj plig tom qab txhawb nqa nws los ntawm ntau txoj kev tawm tsam cov kws qhia ntawv qib siab hloov ntawm txoj haujlwm thiab cov kev kawm. Thaum Novas ua haujlwm hauv lawv lub tsev kawm ntawv qib siab siv Pandoras nyob rau hauv lawv txoj kev tswj hwm kom tau txais kev nkag mus hauv cov chaw haujlwm hauv chav tsev hauv qab, lawv cov kev sib tw tau muab tso tseg.
Satellizer thiab Kazuya koom nrog ob peb ntawm West Genetics cov tub ntxhais kawm mus rau chav kuaj hauv Alaska, qhov chaw uas lawv tuaj yeem pab ua ke nrog cov haujlwm Evolution Pandora (E Pandora), cia cov poj niam ib txwm tuaj yeem hloov Stigmata los ua Pandoras. Thaum twg ib qho ntawm E Pandoras mus rau tus neeg sau ntawv, lwm tus muaj teebmeem seb cov tshuaj hauv kev sim puas tsis txaus ntshai, tab sis raug ua kom ua raws li qhov xav tau ntawm lub koom haum kev lag luam zoo li tus tswj hwm. Thaum nrhiav tau tias kom txog thaum lawv tau siv nyiaj ntau, lawv tau siv, E-Pandora Amelia Evans ncaj qha rau kev tawm tsam uas nce mus rau hauv tag nrho ntawm Nova Clash.
Kazuya paub ntau ntxiv txog kev txuas ntawm nws tsev neeg mus rau Nova ntxiv rau Pandora. Yawg Kazuya yawg Gengo Aoi nrhiav tib txoj haujlwm, uas teeb tsa Rana thiab Satellizer mus rau ib pab neeg tshwj xeeb nrog cov poj niam hu ua Valkyries. Txawm li cas los xij, thoob plaws kev ua qauv qhia kev ua haujlwm nrog kev cai nchuav Nova uas yog dummy, delusions muaj kev paub los ntawm Pandoras, ntxiv rau lub dummy Novas los ua ib tug legion ntawm 100s ntawm Nova uas txiav txim siab Genetics. Gengo suav qhov no los ntawm unleashing Legendary Pandoras uas yog tus phauj ntawm Kazuya. Chevalier dag zog tua neeg Gengo ntiav ntau tus neeg hu ua Busters, thaum qee tus ntawm Legendary Pandoras hloov mus ua Novas, tab sis txoj haujlwm ntog sib nrug.
